（一）子宫肌瘤
子宫有不同程度增大，尤其是壁间子宫肌瘤与子宫肌腺瘤光凭妇科检查不易区分。但子宫肌瘤无痛经史及周期性下腹痛史。
（二）慢性盆腔炎
慢性盆腔炎患者疼痛不仅限于月经期，平时亦有隐痛，且可能出现反复炎症发作史，对抗炎治疗有效，但内膜异位症抗炎治疗则无效。还需注意凡诊断为慢性盆腔炎经久治疗症状不消者，应考虑有内膜异位症之可能。
（三）盆腔恶性肿瘤
卵巢恶性肿瘤除在子宫旁扪及固定实性包块外，也可能在盆腔内触及散在转移结节，因而易于子宫内膜异位症相混；直肠内膜异位除便血外，尚可触及硬块而易误诊为直肠癌。但肿瘤患者一般体质差，病情发展迅速，疼痛为持续性，与月经周期无关。凡诊断不明确者，尤其疑有恶变者，应尽早剖腹探查明确诊断。
与子宫内膜异位症鉴别诊断的疾病
与子宫内膜异位症鉴别诊断的疾病之一、附件炎
卵巢的子宫内膜异位症，往往误诊为附件炎症。二者都能在盆腔形成有压痛的固着包块。但子宫内膜异位症病人无急性感染病史，患者多经各种抗炎治疗而毫无效果。并应详细询问痛经开始时期及疼痛程度。这种病例往往子宫直肠窝处有异位内膜结节，如仔细检查当可查出，有助诊断。必要时可用药物试探治疗，观察有无疗效来鉴别。一般在卵巢的子宫内膜异位症，输卵管往往通畅。因此可试用输卵管通水试验，如通畅，则可排除输卵管炎症。
与子宫内膜异位症鉴别诊断的疾病之二、直肠癌
当子宫内膜异位症侵犯直肠、乙状结肠而范围较广时，往往在该处形成硬块，造成部分梗阻，个别情况异位子宫内膜侵及肠粘膜引起出血，则更似直肠癌。但直肠癌的发生率远较肠子宫内膜异位症的发生率高。一般直肠癌患者体重减轻明显，肠出血较频，与月经无关，无痛经。
肛诊时肿瘤固定于肠壁，肠壁四周皆狭窄。钡灌肠可见肠粘膜不平，钡充盈不良范围小。乙状结肠镜检查看到溃疡，出血，活检可确诊。肠子宫内膜异位症体重不减轻，肠很少出血，个别出血也在月经期发生，痛经较重。肛诊时粘膜与其底部肿块不相粘连，仅前壁发硬。钡灌肠显示肠粘膜光滑，钡充盈不良范围广。
需与子宫内膜异位相鉴别的疾病
子宫内膜异位常与周围粘连、固定，妇科双合诊时可触及张力较大之包块并有压痛，结合不孕史易误诊为附件炎块。破裂后发生内出血，表现为急性腹痛。治疗前尽可能明确诊断，并考虑患者年龄，对生育要求、病情严重程度、症状及病灶范围，排除易误诊疾病，加以全面考虑。
需与子宫内膜异位相鉴别的疾病：
1、子宫肌瘤：子宫肌瘤常表现类似症状。一般子宫内膜异位症痛经较重，为继发、渐进。子宫一致性胀大，但不甚大。如伴发其他部位异位内膜时，则有助于鉴别。确实困难者可试用药物治疗，如症状迅速（用药1～2个月）改善，诊断倾向于子宫内膜异位。应当指出，子宫腺肌病可与子宫肌瘤同时存在（约10%）。一般术前较难鉴别，须待手术切除子宫的病理检查。
2、附件炎：卵巢的子宫内膜异位，往往误诊为附件炎症。二者都能在盆腔形成有压痛的固着包块。但子宫内膜异位病人无急性感染病史，患者多经各种抗炎治疗而毫无效果。并应详细询问痛经开始时期及疼痛程度。这种病例往往子宫直肠窝处有异位内膜结节，如仔细检查当可查出，有助诊断。必要时可用药物试探治疗，观察有无疗效来鉴别。一般在卵巢的子宫内膜异位，输卵管往往通畅。因此可试用输卵管通水试验，如通畅，则可排除输卵管炎症。
3、直肠癌：当子宫内膜异位侵犯直肠、乙状结肠而范围较广时，往往在该处形成硬块，造成部分梗阻，个别情况异位子宫内膜侵及肠粘膜引起出血，则更似直肠癌。但直肠癌的发生率远较肠子宫内膜异位的发生率高。一般直肠癌患者体重减轻明显，肠出血较频，与月经无关，无痛经。肛诊时肿瘤固定于肠壁，肠壁四周皆狭窄。钡灌肠可见肠粘膜不平，钡充盈不良范围小。乙状结肠镜检查看到溃疡，出血，活检可确诊。肠子宫内膜异位体重不减轻，肠很少出血，个别出血也在月经期发生，痛经较重。肛诊时粘膜与其底部肿块不相粘连，仅前壁发硬。钡灌肠显示肠粘膜光滑，钡充盈不良范围广。
4、卵巢恶性肿瘤：卵巢癌误诊为卵巢的子宫内膜异位，则延误治疗，故必须慎重。卵巢癌不一定有腹痛症状，如有往往也为持续性，不像子宫内膜异位的周期性腹痛。检查时卵巢癌为实质感，表面凹凸不平，体积亦较大。卵巢的子宫内膜异位还可能伴发其他部位的子宫内膜异位，而兼有各该部位病变的体征。对于不能鉴别的患者，年龄大的应实行剖腹探查，年纪轻的可短时按子宫内膜异位治疗，以观察疗效。
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鉴别子宫内膜异位症
一、子宫肌瘤子宫肌瘤常表现类似症状。一般子宫内膜异位症痛经较重，为继发、渐进。子宫一致性胀大，但不甚大。如伴发其他部位异位内膜时，则有助于鉴别。确实困难者可试用药物治疗，如症状迅速（用药1～2个月）改善，诊断倾向于子宫内膜异位症。应当指出，子宫腺肌病可与子宫肌瘤同时存在（约10%）。一般术前较难鉴别，须待手术切除子宫的病理检查。二、附件炎卵巢的子宫内膜异位症，往往误诊为附件炎症。二者都能在盆腔形成
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